鹿目 まどか

見滝原中学校

誕生日 10/03

CV 悠木碧

本作品の主人公。一人称は「わたし」。中学2年生の平凡な少女だが、魔法少女としては途方もない素質を持っており、執拗にキュゥべえから契約を迫られることになる。
当初は一見華やかではある魔法少女に夢を見ていたものの、マミの死やソウルジェムの真実など、魔法少女の実態に直面するたびにその認識を改めていき、魔法少女としての契約に踏み出せない自分の臆病さに迷いながらも、「当事者になれない傍観者」という立場で他の魔法少女に干渉していく。最終的にはその中で自身の真の願いを見出し、魔法少女の悲劇を終わらせるためにキュゥべえとの契約を決意する。
本編の登場人物の中では唯一誕生日が設定されており、10月3日となっている。

暁美 ほむら

見滝原中学校

CV 斎藤 千和

第1話でまどかのクラスへ転校してきた魔法少女。一人称は「私」。まどかに対して、謎めいた警告と助言を繰り返す。
劇中でその内面や過去などの秘密が明かされていくと共に、印象が二転三転していく登場人物[8]。
その正体は本編とは異なる未来の「時間軸」から来た、まどかの友人。最強の魔女「ワルプルギスの夜」との戦いで戦死するまどかを救うため、「時間操作」の魔法を操り、何度も同じ期間を繰り返し（やり直し）ている。しかしその行為は彼女の意に反し、最高の魔法少女にして最悪の魔女となる素質をまどかに持たせる、という結果に繋がっていた。
本作品のファンからは「ほむほむ」という愛称で呼ばれている。

美樹 さやか

見滝原中学校

CV 喜多村 英梨

まどかの同級生にして親友で、まどかと共に魔法少女の世界に足を踏み入れる。一人称は「あたし」。
治療不可能な怪我によってバイオリン奏者になる夢を絶たれた恭介を救うため、マミの死後、キュゥべえと契約を交わして魔法少女となる。
魔法少女となった当初は戦うことへの自信に溢れ、劇中において物語を牽引する「第二の主人公」としての立場を担う。しかし契約により自分が人間ではないものに変質していた事実を知り、さらに恭介と親友の仁美との三角関係に直面したことが彼女を追い詰め、急速にソウルジェムに穢れを溜め込み、ついには「人魚の魔女」へと変貌してしまう。こうした最期は物語の残酷さを象徴するような、劇中における悲劇のヒロインとしての役割が意図されている。

巴 マミ

見滝原中学校

CV 水橋香織

見滝原中学校3年生で、まどかやさやかの先輩でもあるベテランの魔法少女。一人称は「私」。
魔女の結界に巻き込まれたまどかとさやかの窮地を救い、2人の相談役となり、魔法少女の存在と契約することの覚悟を説く。
魔法少女の中では珍しく、他者を魔女とその使い魔の脅威から守るという信念で戦い続け、その姿がまどかとさやかに大きな影響を与える。第3話の「お菓子の魔女」との戦闘において、まどかとさやかの眼前で凄惨な最期を遂げる。
魔法少女の象徴的な人物であり、彼女の退場によって物語の本質が明かされる。

佐倉 杏子

見滝原中学校

CV 野中藍

マミの死後、見滝原を自分の縄張りにするために現れた魔法少女。一人称は「あたし」。
自分と同じく「他人のための祈り」から魔法少女になったさやかに、強い関心と反発を抱いていたが、両者は根本的には似た者同士でもあり、徐々に助言を与えるなど気にかけるようになる。
魔女化したさやかを人間に戻す手段がないことを信じず、さやかを救おうとまどかと共に「人魚の魔女」に立ち向かうが、その願いは通じず、最期は自爆魔法により「人魚の魔女」を道連れに戦死する。
最初は悪役のように登場するが、退場間際には良心的存在となっていく役回りの人物。