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此校前身是位於九龍藍田（二）邨（重建後現址為啟田邨籃球場）、與該邨第12座相連的的中華傳道會牧幼學校，為一所「火柴盒」小學。於1966年創校時，牧幼僅設上午校，要到1968年才增設下午校。
至1987年，由於牧幼學校與相連的大廈被列為危樓，教育署要求校方於1987至1988年度起暫停辦學，直至覓得合適校址為止，以便安排於1990年拆卸校舍。中華傳道會與前教育署幾經交涉，終於在青衣長發邨地皮獲批新校舍。得蒙呂明才基金及中華傳道會合共撥款75萬港元作開辦費，故易名為中華傳道會呂明才小學，並於翌年成功在青衣復辦。
由2005年至2006年度起，該校上下午校一至四年級開始合併推行「全日制」，在2007至2008年度完成，一至六年級均「全日制」上課。
2018年12月，該校獲贈一輛九巴退役雙層巴士進駐校園，成為學校另一STEM教育基地，這輛退役巴士命名為「呂小號」。
辦學宗旨：秉承傳福音大使命，藉全人教育，讓孩童在基督的愛中愉快地成長，為國家儲良才，為教會練精兵。
