本作題作的構成元素包括日常學園、日本古代神話、巫女、法術、武術格鬥、機器人戰鬥等很多元素，在選材上採取的方向相當特殊。

遠古之神「大蛇」企圖滅世，因而產生了兩位救世巫女。兩位巫女經由不停的輪迴轉世，相遇後以兩人之力封印住大蛇。而原本只是普通高中生、卻是「日之巫女」的轉世「來栖川姬子」以及「月之巫女」的轉世「姬宮千歌音」，為了再次封印大蛇，不得不想辦法召喚傳說中的劍神"天叢雲"。大蛇的八個僕人們（人性的八個黑暗面）為阻止兩人召喚天之叢雲，而屢次對她們發動襲擊；這時，原本應該是大蛇之一順序七的「大神相馬」因為暗戀姬子已久，而背叛了大蛇的意志，屢次地拯救她們，但卻又引發了另一場風波。不停輪迴的兩人，無法分離的命運，這是身為「神無月之巫女」的命運。